与白河院政时期不同，鸟羽上皇无意抑制庄园扩大，各地武将、豪族、有实力之人乃至国守等，在全国建立了许多新的庄园，并发生了许多纠纷。“保元之乱”平定后，后白河天皇为了巩固皇权，恢复朝廷权威，于保元元年（1156）闰九月颁布《保元新制》。《保元新制》宣扬了全国土地都归天皇支配的王土思想，其主要内容为严厉整顿庄园，其主要目的是要将庄园、公领全都掌握在皇室手中。为了筹划和运作新政，后白河天皇将亲信信西当作经世之才，对他寄予厚望，赋予他很大的权力。
信西是其于天养元年（1144）出家后取的名字，原名为藤原通宪，是藤原南家的末裔。信西的父亲藤原实兼在担任藏人一职时猝死，之后他成为亲戚高阶经敏的养子，改姓高阶。信西的正妻为高阶重仲之女，之后又娶了藤原朝子，即后白河天皇的乳母纪伊局，这为他后来成为后白河天皇的宠臣奠定了基础。信西曾担任鸟羽上皇的院司（判官代），但在当上少纳言后便放弃了宫廷中的晋升，在出家后取法名为信西。信西博学多才，精明强干，曾受鸟羽上皇之命，编纂以接续六国史为目的的史书《本朝世纪》，并编纂了收录各项法令及历代明法家们见解和经典判例的《法曹类林》，是当时著名的学者。
信西在后白河天皇的支持下，不断推出各种新的举措，以期“重建以庄园公领制为基础的礼仪国家”。他仿照后三条天皇设置记录所，作为实施庄园整理令的机关，积极推进全国庄园的整顿。记录所的长官由大纳言藤原公教担任，下设弁官负责实务，其中右中弁为藤原惟人，左少弁为源雅赖，右少弁为信西的嫡子藤原俊宪。记录所下还设有寄人21名，负责处理庄园上的问题。
同时，手握大权的信西还向五畿七道征税，用于重建大内、重兴御宴等，以期通过复兴礼仪来恢复宫廷贵族社会秩序。保元二年（1157）十月，大内建成，后白河天皇移驾新宫，发布三十五条新制，包括重整身份等级的奢靡禁止令、下级官员公务厉行令、京城秩序确定令等。保元三年（1158）正月，后白河天皇在皇宫内举办了场面盛大的御宴。从长元七年（1034）开始，宫廷御宴已经中断了120多年。此外，后白河天皇还在新宫举办了中断30多年的相扑节。
为了推进国政改革，信西需要武士的支持。“保元之乱”后，源义朝与平清盛分别成为源氏与平氏的首领。源义朝一心想要依附信西，提出将自己的女儿嫁给信西之子藤原是宪。但信西见源义朝不受后白河天皇待见，不愿与其结为姻亲。然而，不久后信西之子藤原成范便娶了受到后白河上皇重用的平清盛之女，与平清盛结成亲家。这样一来，信西就招致了源义朝的怨恨。
保元三年（1158）八月，后白河天皇退位，其子守仁亲王践祚，是为二条天皇（16岁）。二条天皇即位后，藤原忠通辞去关白一职，由其子藤原基实（后来的近卫基实）接替。当时藤原基实只有16岁，由此日本诞生了第一位少年关白。由此也可以看出，院政时期的关白已经是徒有虚名。
“在此之前，王权内部的对立通常都是兄弟之间的问题。但是，由于鸟羽天皇之后皇位继承的特殊情况，后白河和二条父子之间出现了尖锐对立的萌芽。”前文已述及，后白河天皇只是皇太子守仁亲王即位前的一个过渡。但此时后白河上皇已经摆脱了“过渡性天皇”的地位，他仿照白河上皇与鸟羽上皇的做法，以太上天皇的身份亲理政务，朝中大事依旧由信西主持。但是，二条天皇颇有英明之誉，不唯后白河上皇之命是从，政局再次发生变化。
二条天皇的支持者是其养母藤原得子以及与她关系密切的藤原经宗和藤原惟方等贵族。与之相对，支持后白河上皇的贵族首领是其乳母的丈夫信西。藤原信赖、藤原成亲等人虽然侍奉在白河上皇身边，却因人脉关系与藤原得子和二条天皇更为亲近。藤原信赖在希望晋升近卫大将一职时，信西将其比作安禄山，认为“叙位、除目，国家大典。选非其人，则上违天心，下乖人情”。“若信赖任之，恐致骄奢，自取祸败。”藤原信赖知道此事后，对信西一直心怀怨恨，想要伺机报复。
在这种形势下，藤原信赖便拉拢源义朝，意图排挤信西和平清盛。同样是“保元之乱”中的功臣，平清盛被加官至三位，位列公卿，声名显赫。其子平重盛，其弟平赖盛等，也都位列朝堂。与此相对，源义朝得到的恩裳比平清盛少，一直屈居五位，对此颇为不满。于是，藤原信赖与源义朝因共同的仇恨一拍即合。
信西在改革过程中，是有理想有决心的，但不可否认的是，其亲信都一同沾了光。其中藤原俊宪担任大弁，藤原贞宪担任右中弁，藤原成宪（后改名藤原成范）、藤原修宪分别受领远江、美浓。此外，信西一方面让自己的儿子在后白河上皇的身旁担任要职，另一方面又把自己的儿子送到二条天皇的身边，成为二条天皇近臣。此举同时引起了后白河上皇和二条天皇身边近臣的反感，导致两方都出现了反信西的势力。而且，信西大刀阔斧的政治改革因触碰了贵族的利益，遭到他们的强烈反对。最终以藤原信赖为中心，形成了超越原本对立关系的反信西势力“统一战线”。
平治元年（1159）十二月九日夜，藤原信赖与源义朝乘平清盛离开都城远赴熊野参拜之机，在信西反对者的默许下发动军事政变。藤原信赖首先让源义朝率军袭击院御所三条殿，控制后白河上皇并将其软禁。为了捉拿信西及其子嗣，接着火烧三条殿，并向四处逃散的人群射箭，导致死伤无数。信西由于事先察觉到危险，幸运地得以暂时逃脱。
与此同时，藤原信赖与源义朝联络二条天皇的支持者藤原惟方等人，拥立二条天皇，挟天子以令诸侯。信西一路逃到山城国原野之中，但仍然没有摆脱武士的追击，在绝望中自杀。信西死后首级被取下，于京都示众。然而，藤原信赖和源义朝对于新政权并没有任何理想和构想，更多的只是出于怨恨。此时叛乱的中心人物中，藤原信赖（27岁）、藤原成亲（22岁）以及在战斗中表现突出的源义朝嫡子源义平（19岁）都很年轻。因此，有学者认为，“‘平治之乱'可以称得上是‘保元之乱'之后品尝到了暴力滋味的青年们意气用事的‘青年起义'”。
另一方面，平清盛在尚未参拜之际便收到政变的消息，于是火速回师京都六波罗官邸。实力相对较弱的源义朝不敢对平清盛的六波罗发动攻击。平清盛也没有对挟持着后白河上皇与二条天皇的源义朝贸然行动。最终，在经过一段时间的对峙后，平清盛用计麻痹嚣张跋扈的藤原信赖与居功自满的源义朝，并伺机将上皇与天皇“救出”。接着前关白藤原忠通与现关白藤原基实父子及其众多公卿几乎都来到六波罗官邸拜谒。藤原信赖从负责看管上皇与天皇的藤原成亲处得知上皇、天皇被救走后，惊慌失措，不知如何是好。源义朝则暴跳如雷，大骂藤原信赖是天下第一无脑之人。
二十六日，二条天皇在新内里六波罗馆颁发追讨藤原信赖和源义朝的宣旨。没有后顾之忧的平清盛于是马上奉诏发兵，这样以平清盛和源义朝为首的两大武士集团便以京都为舞台展开了激烈的战斗。最终，在战斗中败下阵来的源义朝带上残存士兵逃亡东国，企图东山再起，但在途中被杀。藤原信赖看到源义朝兵败后，知道自己将被处罚，于是投奔后白河上皇。后白河上皇虽然也替他求情，但没有得到赦免而被处死。一直屈从于藤原信赖的藤原成亲，在与其有姻亲关系的平清盛嫡长子平重盛的营救下，保住了性命。以上军事政变，史称“平治之乱”。
翌年正月，源义朝的首级于京都示众。其长子“恶源太”源义平被捕后也被斩首。源义朝年仅13岁的三子源赖朝原本也因随父参与战乱而被判处死刑。但在平清盛的继母藤原宗子（池禅尼）的求情之下，免于一死，被流放至伊豆国。源义朝的侧室常盘原所生牛若（源义经）也一同被赦免。
“平治之乱”后，一方面后白河上皇失去了近臣集团的核心成员，另一方面期待着二条天皇实行院政的贵族们也元气大伤，而且围绕政局主导权问题，后白河上皇和二条天皇之间的关系日趋恶化。“平治之乱”同时也使武家栋梁源氏崩溃，平清盛作为唯一的武家栋梁，巧妙地斡旋于上皇和天皇之间，逐渐掌握了朝廷大权，成了最后的赢家。由此，天皇制彻底走向了没落，代之而起的是武士专权。
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大日本史 卷之一百四十六 列傳第七十三
大日本史 卷之一百四十八 列傳第七十五
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