“月满则亏，盛极必衰”是历史的规律。“一家三后如月满”的藤原道长死后，藤原氏摄关家的权势如同满月后开始一天一天变弱的月光，逐渐走向衰落。
藤原道长去世9年后的长元九年（1036）四月十七日，没有生育皇子的后一条天皇去世。根据后一条天皇留下的遗诏，朝廷秘不发丧，按照先帝犹在之礼举行让位于皇太弟敦良亲王（一条天皇与藤原道长长女藤原彰子之子）的仪式。七月十日，敦良亲王在大极殿举行即位大典，是为后朱雀天皇，时年28岁，同时立他与藤原嬉子（藤原道长的末女，已去世）所生第一皇子亲仁亲王（后冷泉天皇）为皇太子。当年九月六日，后一条天皇中宫、藤原赖通妹妹藤原威子去世（38岁）。此时的关白依旧是藤原赖通。
藤原赖通幼名鹤君，母亲为左大臣源雅信之女源伦子，年仅26岁时便接受父亲藤原道长让出的摄政之位，并接受父亲的辅佐。一般认为，藤原赖通与父亲藤原道长相比是一位比较平庸的人，尤其是与父亲实现了“一家三后”不同，他直至后朱雀天皇即位仍然膝下没有女儿（朱雀天皇即位当年生下女儿藤原宽子），只能将已故关白藤原道隆之女、一条天皇皇后藤原定子所生第一皇子敦康亲王的女儿嫄子女王收为养女。嫄子女王此后获得藤原朝臣这一氏姓，称为藤原嫄子。
藤原嬉子去世后，尚未继承皇位的后朱雀天皇娶了三条天皇皇女祯子内亲王（生母是藤原道长女儿、中宫藤原妍子），并在长元七年（1034）生下尊仁亲王（后三条天皇），而且对其十分宠爱。长元十年（1037）二月十三日，后朱雀天皇册立祯子内亲王为中宫。由于祯子内亲王毕竟不姓藤原，所以藤原赖通将藤原嫄子送入后宫不久，便设法将其立为后朱雀天皇的中宫，而原本已被立为中宫的祯子内亲王则改称皇后，再次出现了两后并立的情况（长元十年三月一日）。随后，藤原赖通的弟弟藤原教通也沿袭兄长的做法，将女儿藤原生子送入后宫并成为女御。同时，藤原赖通与藤原教通的异母兄弟藤原赖宗（藤原道长与左大臣源高明女儿源明子之子）也将女儿藤原延子送入后宫并成为女御。
长元十年（1037）四月二十一日，后朱雀天皇改元长历。藤原赖通养女藤原嫄子在长历二年（1038）生下皇女祐子内亲王，长历三年（1039）又生下皇女谋子内亲王后去世（24岁）。此时，藤原赖通的独生女藤原宽子年仅3岁。如此一来，藤原赖通想当外戚的梦想至少要等到十年以后才有可能实现。后朱雀天皇为了安抚藤原赖通，特别郑重地举办了藤原嫄子的御菩提法会（葬礼）。可见，当时藤原赖通的权势虽然比其父藤原道长要略逊一筹，但后朱雀天皇仍然无力对其进行压制，甚至还要向其示好。
长历四年（1040）十一月十日，后朱雀天皇改元长久。长久五年（1044）十一月二十四日，后朱雀天皇又改元宽德。此时，后朱雀天皇已患病，于是于宽德二年（1045）正月十六日让位于第一皇子亲仁亲王，是为后冷泉天皇。后朱雀天皇第二皇子尊仁亲王与藤原氏没有亲戚关系，藤原赖通由于害怕藤原氏失去外戚的地位，所以极力反对立即立皇太子，而是想让后冷泉天皇与藤原氏的女儿生下皇子之后，再册立皇太子。但在东宫大夫源能信的恳求下，后朱雀天皇还是不顾关白藤原赖通的反对，发布了册立尊仁亲王为皇太子的遗命。十八日，病重的后朱雀上皇出家，同日驾崩，时年37岁，在位9年。四月八日，后冷泉天皇在大极殿即位，时年21岁，同时尊仁亲王被立为皇太弟，藤原赖通继续担任关白。
当年藤原基经担任摄政时，曾献上家传宝剑壶切，作为代代东宫的庇佑。皇太子尊仁亲王虽然是名正言顺的东宫，但他却不是藤原家的外孙，因此藤原赖通将宝剑秘藏起来，没有献给尊仁亲王。
宽德三年（1046）一月十八日，右大臣藤原实资去世（90岁）。同年四月十四日，后冷泉天皇改元永承。永承元年（1046）七月十日，后冷泉天皇立自己还是皇太子时期便入宫的章子内亲王为中宫。八月一日，内大臣藤原教通升任空缺的右大臣一职，大纳言藤原赖宗则升任内大臣。此时藤原赖通任左大臣。也就是说，此时藤原氏的权势虽然不复从前的繁荣，但政局仍旧由其一族所把控。
永承二年（1047），藤原教通的女儿藤原欢子入宫，翌年晋升为女御。永承五年（1050），藤原赖通的女儿藤原宽子入宫，成为后冷泉天皇的女御。藤原宽子虽然没有生下皇子，但还是于翌年被册立为皇后。藤原赖通与藤原教通兄弟都一心希望在后宫的女儿能够生下皇子，并将其立为皇太子，借此巩固外戚地位。
永承八年（1053）一月十一日，后冷泉天皇改元天喜。天禧六年（1058）八月二十九日，后冷泉天皇又改元康平。康平三年（1060）七月十七日，藤原赖通辞去左大臣之职，次年出任太政大臣。与此同时，藤原教通升任左大臣，藤原赖宗升任右大臣，藤原赖通之子权大纳言藤原师实升任内大臣。此时藤原赖通已经72岁高龄。按照以前的惯例，关白年纪大了都会主动上表请辞，但藤原赖通并未这样做，他还是一心想着女儿藤原宽子能够生下皇子，并凭借自己的关白身份将其立为皇太子。
康平八年（1065）八月二日，后冷泉天皇改元治历。治历三年（1067）十二月五日，77岁高龄的藤原赖通终于上表请辞关白之职。藤原赖通原本非常期盼自己的儿子藤原师实成为关白，不过，他的弟弟藤原教通奏请他们的姐姐藤原彰子，认为藤原道长的遗言是让位给自己，同时藤原教通也保证会将关白之位传给藤原师实，于是让位于弟弟藤原教通。但是藤原教通成为关白后，违反了与兄长的约定，希望自己的儿子藤原信长能够成为关白，从而使兄弟间的关系严重失和。
治历四年（1068）二月以后，后冷泉天皇患病。四月十七日，后冷泉天皇册立藤原教通的女儿藤原欢子为皇后，藤原宽子则改称中宫。与此同时，后冷泉天皇还改称中宫章子内亲王为皇太后、祯子内亲王为太皇太后。也就是说，后冷泉天皇一共立了三位皇后。虽然后来也有天皇立过三位皇后，但她们的在位期间相互交错。后冷泉天皇由此成为日本历史上唯一“三后并立”的天皇。四月十九日，后冷泉天皇去世，时年44岁。
从藤原良房开始，尤其是在“安和之变”后，在藤原氏的操纵下，进入天皇后宫的几乎都是藤原氏出身的女性，大都是近亲通婚，所以繁衍不盛，而跟藤原氏关系稍稍疏远者，则往往会被排挤，甚至无缘皇位。后冷泉天皇在位23年，无论是皇后、中宫、还是女御，均没能为其生下一位皇子。也正因此，尊仁亲王才得以保住皇太子地位。
后冷泉天皇去世当日，时年35岁的尊仁亲王践祚，是为后三条天皇。由于当时大极殿尚在修建，后三条天皇于是于七月二十一日，在太政官厅举行即位大典。后三条天皇是自宇多天皇以来170年间，唯一一位非藤原氏皇后出生的天皇。在即位前，他度过了长达23年的东宫生活，和生母祯子内亲王一起备受藤原氏的欺压。后三条天皇即位后，不愿再充当藤原氏的傀儡，企图实现还政于皇室的愿望，开始打破门阀限制，起用地位较低的中下层贵族参与朝政，重用大江匡房（曾出任东宫侍读，与皇太子关系亲密）等有学识的人作为亲信，擢升赐姓皇亲村上源氏、醍醐源氏等为公卿，使公卿中源氏占到了三分之一左右的比例，从而改变了最高决策层由藤原氏独霸的局面。
当时，日本全国各地的庄园不断扩张，地方征税困难，严重影响国家财政收入。早在后冷泉天皇治世之初，便有意抑制摄关的权势，着手整顿业已混乱不堪的庄园制度，并禁止官宦寺社任意占地扩充庄园。但当时日本最大的庄园主便是权倾天下的藤原氏，所以，整理庄园令因藤原氏为首的贵族层层设阻，很难在各地真正贯彻，未能收到实效。后三条天皇即位后，在中下层官员的支持下，亲自主持政务改革。
治历五年（1068）二月二十三日，后三条天皇发布了十分严厉的《庄园整理令》，对藤原氏的庄园加以限制，削弱藤原氏的财力，从而恢复国衙领地，重建国家财政。整顿庄园的政策，“让诸庄园主认识到作为国政中心的天皇的存在”，“宣示了王权对国土的支配权”，使原本归附藤原氏者开始转向皇室，对显示天皇权威、抑制摄关家势力产生了积极效果。
值得注意的是，后三条天皇在即位之初，由于长子贞仁亲王（白河天皇）的母亲（藤原道长第四子藤原能信养女藤原茂子）和妻子（藤原师实养女藤原贤子）都是藤原家的女子，因此并没有立即立皇太子，而是尽量往后拖延，直至治历五年（1069）四月改元延久后，才册立其为皇太子，“他只是将白河天皇当作过渡的旁系”。两年之后，后三条天皇终于与源基平之女源基子生下和藤原氏没有血缘关系的实仁亲王。“实仁亲王才是直系的皇统继承人”。
但是，后三条天皇的身体比较虚弱，藤原氏的势力也仍旧庞大，因此在在位只有短短4年多的延久四年（1072）十二月八日，乘贞仁亲王的皇太子妃藤原贤子尚未生子之前，便让位给贞仁亲王，同时立实仁亲王为皇太子，并约定实仁亲王的同母弟辅仁亲王为下一代皇太子。
摄关政治时期，政务由摄政、关白以及左、右大臣等大臣处理，天皇则幽居深宫之中，天皇退位后同样不管理政务。后三条天皇退位之后为了继续与藤原氏的势力抗衡，以上皇的身份设立“院”，并任命掌管“院”的事务的官员，此后的部分政务便开始在“院”中处理，这便是后来被称为“院政”的政治体制的起源。但是后三条天皇退位后不久，于延久五年（1073）五月七日病逝（40岁），其遗志最终由其子白河天皇继承。
延久六年（1074）二月二日，历经了一条、三条、后一条、后朱雀、后冷泉、后三条六代天皇并担任摄关一职达50年之久的藤原赖通以83岁高龄去世。一同肩负了摄关政治全盛期的姐姐藤原彰子（87岁）与弟弟藤原教通（80岁）也于同年十月三日和翌年九月二十五日相继去世，由此摄关时代开始向院政时代过渡。
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大日本史 卷之一百三十八 列傳第六十五
大日本史 卷之八十 列傳第七 后妃七
