天智天皇生于推古天皇三十四年（626），本名葛城，后又称中大兄，父亲为舒明天皇，母亲为皇极（齐明）天皇，可以说是一位血统无可挑剔的皇子。中大兄皇子在少年时期，目睹首创外戚专权的苏我氏势倾皇室，甚至将圣德太子之子山背大兄王杀害。随着年龄的增长，中大兄皇子日益感到苏我氏对皇室造成严重威胁，立誓强化皇室权威，改革国家政治体制。
中臣氏是倭王权中一直负责掌管祭祀事务的氏族。根据《藤原家传》记载，中臣镰足“性仁孝，聪明睿哲，玄鉴深远。幼年好学，博涉书传。每读太公六韬，未尝不反覆诵之。为人伟雅，风姿特秀，前看若偃，后见如伏。”舒明天皇在位期间，中臣镰足（又名镰子）不愿继承家业，于是谎称生病，把自己关在三岛的别墅中。中臣镰足之所以这么做，是因为很早以前，就已立志成为一名政治家，而非掌管祭祀的专员。中臣镰足对苏我氏的专横弄权十分愤慨，因此一直在王室成员中物色合适人选，以期辅佐。中臣镰足最初与轻皇子过往甚密，轻皇子也素来敬重中臣镰足。但后来，中臣镰足最终还是认定轻皇子的器量不足与谋大事。
据说，中大兄皇子有一天在飞鸟法兴寺大规树上踢球，结果不小心鞋子随同球一并掉落。这时中臣镰足碰巧捡到了鞋子，并跪下来将鞋子递给中大兄皇子。中大兄皇子见状便也跪下来接过自己的鞋子。由此，刚毅果断的中大兄皇子与足智多谋的中臣镰足二人结识，并成为亲密无间、无话不谈的朋友。
中大兄皇子和中臣镰足两人此后一同向留唐归来的南渊请安学习大唐的先进文化和制度，并决意推翻苏我虾夷与苏我入鹿父子的骄横统治，进行政治改革。为了在苏我氏内部寻找一个同盟者，中臣镰足建议中大兄皇子娶苏我石川麻吕的长女为妃。中大兄皇子欣然允诺。于是，中臣镰足从中做媒，使二人订下婚约。然而，新婚之夜，苏我石川麻吕的长女被同族的苏我日向拐走。苏我石川麻吕的次女眼见父亲沮丧失落的样子，便说：“您不必担心，我替姐姐出嫁。”苏我石川麻吕于是十分高兴。这位次女就是后来的持统女帝的生母远智娘。
不过，中大兄皇子得知此事后，还是十分愤怒，打算将对自己不敬的苏我日向处死。于是，中臣镰足进谏道：“既定天下之大事，何忿家中之小过！”中大兄皇子随即不再与苏我日向计较。
除了苏我石川麻吕之外，中臣镰足还给中大兄皇子推荐了佐伯子麻吕和葛城稚犬养网田等人。此外，他们还需要取得其他有力氏族的同意和谅解。如阿倍内麻吕是当时仅次于苏我氏的强大氏族的族长，从政变后他出任首席大臣来看——左大臣的情况来看，在事前是和他达成了反苏我氏的谅解的。当然，苏我氏方面可能也隐约感觉到了中大兄皇子和中臣镰足等人的动向，强化了武装力量。
经过周密的准备，发动政变、斩杀苏我入鹿的机会终于来了。皇极天皇四年六月（645）十二日，皇极天皇在板盖宫大殿接见朝鲜半岛高句丽、新罗和百济三国的使者。苏我入鹿为人多疑，日夜剑不离手，在艺人们的劝说下，才笑而解剑，入位就座。在“三韩”向倭王进贡的仪式上，苏我石川麻吕代替三国使者宣读表文。准备行刺的佐伯子麻吕和葛城稚犬养网田等隐藏在暗处，伺机动手。中大兄皇子手持长枪、中臣镰足手持弓箭，也暗中埋伏。但事情远非想象的那样顺利。宣读表文的苏我石川麻吕由于过于恐惧而声音嘶哑，双手颤抖。苏我入鹿感到颇为惊异，便问道：“你为什么颤抖？”苏我石川麻吕答道：“因为靠近天皇，很紧张，所以不由得开始流汗。”这才勉强蒙混过关。
此时，本应动手行刺的佐伯子麻吕也因恐慌而踌躇不前。一时间，空气十分紧张。中大兄皇子见大家心生胆怯、迟疑不决，便当机立断，身先士卒冲入大殿。佐伯子麻吕等人见状，也随后跟上。苏我入鹿被砍伤后，连滚带爬逃到皇极天皇御座前，磕头求饶。事前并不知道政变计划的皇极天皇也受到惊吓，她问中大兄皇子：“这到底是怎么回事？”中大兄皇子回答道：“苏我入鹿不仅灭了大王家，还妄图篡夺王位。”皇极天皇听完中大兄皇子的解释之后，默默不语，退入后宫。最终，苏我入鹿被众人斩杀。次日，苏我入鹿之父苏我虾夷见大势已去，焚宅烧毁《天皇记》《国记》等史书以及其他珍宝后自尽。以上便是古代日本著名的宫廷政变——“乙巳之变”的大致经过。
一般认为，乙巳之变是中大兄皇子和中臣镰足等人进行的一场试图抑制豪族的势力、恢复“天皇亲政”的武装政变。但是，也有观点认为，这场政变的原因在于围绕当时紧张的朝鲜半岛形势，朝廷内部产生了对立。即当时朝廷内部分成两派：一派人赞同苏我氏的路线，主张与唐朝保持距离，而与百济维持亲密的关系；另一派人则主张亲近唐朝，同时亲近与之建立同盟的新罗。笔者认为，有可能是以上两种原因共同促成了乙巳之变的发生。
政变发生后，皇极天皇叫来中大兄皇子，表达了希望将皇位让于他的想法。中大兄皇子并未立即给出答复，而是找中臣镰足请教。此时中大兄皇子还不到20岁，从当时对继承者政治能力的要求来看，不得不说他年纪尚轻。于是，中臣镰足建议道：“古人大兄殿下之兄也。轻皇子殿下之舅也。方今，古人大兄在，而殿下陟天皇位，便违人弟恭逊之心。且立舅以答民望，不亦可乎？”中大兄皇子认为中臣镰足言之有理，于是拒绝了皇极天皇的让位。最终，皇极天皇将皇位让于弟弟轻皇子，即孝德天皇。中臣镰足的这一条“缓称王”的策略，不仅为中大兄皇子收揽了人心，而且也使他更便于掌握实权，集中精力推行改革事业。
孝德天皇即位后，皇极天皇被尊称为“皇祖母尊”，中大兄皇子被确定为“皇太子”，掌握了一部分核心权力，中臣镰足则作为中大兄皇子的心腹担任内臣、授大锦冠，成为朝廷重臣。之前的大臣则分为左大臣和右大臣，分别由阿部内麻吕和苏我石川麻吕担任，“朝廷迈出了官僚化改革的第一步”。与此同时，设置国博士作为朝廷的智囊团，由从中国留学归来的僧旻和高向玄理担任。此外，首次定年号为大化，并于次年正月发布“改新之诏”。
之后，在推行大化改新的过程中，中大兄皇子与孝德天皇以及阿部内麻吕、苏我石川麻吕等人逐渐产生对立，与中臣镰足则关系仍旧亲密。大化五年（649）三月，阿部内麻吕去世，数日后，苏我石川麻吕突然被指涉嫌谋反后自杀。由此，中臣镰足得以进一步扩张势力。
白雉四年（653），中大兄皇子与孝德天皇之间似乎出现矛盾，中大兄皇子与皇祖母尊（皇极天皇）、孝德天皇皇后间人皇女以及公卿大夫、百官人等迁至飞鸟。白雉五年（654）十月十日，孤独的孝德天皇在难波病亡。第二年正月，让位的皇极天皇重新即位，即齐明天皇。此时年近30的中大兄皇子依然以皇太子身份执政，中臣镰足则升为大紫冠。
660年，唐朝与新罗联军一举攻灭了百济，百济遗臣鬼室福信等人遂向日本乞师求援。对此，重祚后的齐明天皇下诏允诺出兵援助百济并送在日本做人质的王子扶余丰回百济继承王位。齐明天皇七年（661）正月，齐明天皇率中大兄皇子、大海人皇子两兄弟以及中臣镰足等政府中枢要员从难波出发，置大营于筑紫，之后出兵朝鲜半岛。不过，同年七月，齐明天皇患病，不久驾崩于筑紫的朝仓宫（68岁）。此时中大兄皇子仍旧以皇太子的名义称制，并继续实施出兵朝鲜半岛的政策。
663年，白村江之战爆发，结果日本大败，遭遇了前所未有的国家危机。白村江之战最大的败因，归根结底不是军事力量，而是政治制度。也就是说，并不是武器的多寡、作战计划的优劣，而在于能否最大限度地发挥国力的体制以及战场上的指挥体系。在白村江战败的打击下，中大兄皇子不断加强防御措施，并于天智天皇六年（667）将都城迁至近江的大津宫，并于次年正月正式即位。
中大兄皇子即位后，与大海人皇子之间似乎存在矛盾。根据《藤原家传》记载，天智天皇七年（667），天智天皇在琵琶湖畔的阁楼上召集群臣欢饮，正当酒酣之际，大皇弟大海人皇子却站起身来，舞起了长枪，并刺穿了地板，似乎在发泄对天智天皇的不满。受到惊吓的天智天皇由此大怒，打算将大海人皇子处死。幸而中臣镰足的坚决谏言，一场风波才得以化解。
天智天皇与大海人皇子之间存在的矛盾，因有中臣镰足从中斡旋，表面上二人还能以大局为重，互相克制。天智天皇八年（669）十月，中臣镰足病重，天智天皇亲自前去探病，并问中臣镰足道：“你还有什么想说的话，就尽管对我说吧。”中臣镰足答道：“臣是愚笨之人，没有什么想说的。只不过希望在葬礼这件事上，办得简单些。生前我对国家没有太多的贡献，死后又怎么敢劳民伤财呢。”天智天皇听后，泣不成声，悲痛万分。数日后，天智天皇派大海人皇子到中臣镰足家，授予中臣镰足最高级别的大织冠和大臣之位，并赐氏姓“藤原朝臣”。次日，藤原镰足去世（56岁），天智天皇极度悲伤，宣布废朝九日。
中臣镰足去世后，天智天皇与皇位继承有力竞争者之一的大海人皇子的矛盾直线上升。天智天皇十年（671）十二月三日，天智天皇在近江宫病逝（46岁），其子大友皇子继承皇位。不久，日本古代史上规模最大的内乱——“壬申之乱”爆发。
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大日本史 卷之一百十一 列傳第三十八
藤原 家傳
