白河上皇为了有效控制堀河天皇，于宽治七年（1093）二月，让15岁的堀河天皇迎娶自己的妹妹（后三条天皇第四皇女）、原贺茂斋院笃子内亲王为女御。不久之后，堀河天皇又被迫将自己的姑母笃子内亲王立为中宫。后来，权大纳言藤原实季的女儿藤原苡子入宫，成为堀河天皇的女御。
嘉保元年（1094）三月八日，藤原师实辞去关白一职。次日，藤原师实之子藤原师通继任关白。永长元年（1096）八月九日，白河上皇出家，做了“法皇”。但他既不受戒，也不起法号，依旧牢牢抓住国家权柄不放。康和元年（1099）六月二十八日，年仅38岁的藤原师通去世。由于此时藤原师通长子藤原忠实资历善浅，还没有出任关白的资格，因此暂时担任内览。康和三年（1101）二月十三日，藤原师实去世（60岁）。藤原师实与藤原师通担任摄关期间，虽然白河上皇（法皇）开启院政，独揽大权，但父子二人在任期间还是极力维护藤原氏权威，并在暗中与白河上皇（法皇）进行争斗，使得朝廷上下取得微妙的平衡。藤原师实与藤原师通去世后，藤原氏再也没能延续祖辈的权势，朝廷也彻底失去了制衡院政的力量。
康和五年（1103）正月，藤原苡子为堀河天皇生下第一皇子宗仁亲王（鸟羽天皇）不久后去世（28岁）。于是宗仁亲王由祖父白河法皇养育。白河法皇十分疼爱这位嫡长孙，于同年八月十七日将其册立为皇太子。与此同时，白河法皇似乎对册立刚出生的宗仁亲王为皇太子一事有所愧疚，他对着父亲后三条天皇的陵墓，就自己无视其遗志的行为请罪道歉，并称宗仁亲王是“圣灵（后三天天皇）嫡曾孙”，请求庇佑。
然而，后三条天皇好像并不原谅白河法皇。到处都在传布堀河天皇的体弱多病与后三条天皇的怨灵作祟有关。嘉承二年（1107）七月十九日，堀河天皇以在位之身因病去世（29岁）。白河法皇于是亲自下诏，把年仅5岁的宗仁亲王推上皇位，即鸟羽天皇。“由此，创造了由院决定皇位继承人的先例”。此时，首先要做的就是任命摄政。当时鸟羽天皇母亲藤原苡子的兄长藤原公实是白河法皇的亲信，他希望以外戚身分担任摄政。但由摄关家的嫡系来出任摄政已经成为惯例。最终，白河法皇还是选择了任命与鸟羽天皇没有外戚关系的藤原忠实为摄政（前一年已被任命为关白）。或许是因为失去摄政的地位受到了打击，藤原公实在三个多月后去世（55岁）。
嘉承三年（1108），改元天仁。天仁三年（1110），改元天永。天永四年（1113）正月一日，鸟羽天皇元服，摄政藤原忠实为其加冠，左大臣源俊房为其理发。此时皇室女子中并没有送入后宫的合适人选。为此，摄政藤原忠实希望能将女儿藤原泰子送入皇宫成为鸟羽天皇的女御，同时让儿子藤原忠通迎娶白河法皇的义女藤原璋子（生父为藤原公实）。当时，白河法皇所宠爱的白川殿夫人希望义女藤原璋子能成为鸟羽天皇的中宫，便暗中向白河法皇进言。一直致力于削弱藤原家势力的白河法皇于是将藤原璋子送入后宫，并立为中宫。不久之后，藤原璋子生下长子显仁亲王（崇德天皇）。
天永四年（1113）还发生了一件重要的事件，即辅仁亲王的护持僧仁宽诅咒并企图暗杀鸟羽天皇。尽管真相不明，但仁宽仍被流放到伊豆国，仁宽的父亲左大臣源俊房以及其他兄弟也都受到牵连，仕途终结，辅仁亲王则受到禁闭的处罚，这便是“仁宽事件”。白河法皇通过“仁宽事件”，最终对后三条天皇遗愿带来的辅仁亲王问题进行了清算。
保安元年（1120），藤原忠实趁白河法皇行幸熊野之际，向鸟羽天皇提出让女儿藤原泰子入宫成为女御的请求。白河法皇回宫听说此事后，下旨暂停了他关白及内览之职，并责令其闭门思过，禁止其处理政务。其后，白河法皇下旨说：“父亲是父亲，儿子是儿子。父亲的罪过，与儿子没有关系”，任命藤原忠实长子藤原忠通为内览。但藤原忠通回答道：“自己的父亲获罪被废除官职，儿子不为父亲申述，反而取代其职位，这是不孝顺的表现。何况我们家族世代担任此职。”白河法皇听后十分感动，于是撤销了对藤原忠实的责罚，并任命藤原忠通为关白。然而，藤原忠实却认为，藤原忠通应该向白河法皇请求恢复自己的职务，而不应该仅向白河法皇请求免除自己的责罚，由此父子二人之间开始有了嫌隙。此时，藤原忠通虽然名为关白，但实权仍然掌握在藤原忠实的手中。值得注意的是，在此之前，摄关的任命权主要取决于前任，现在则完全由上皇决定。
白河法皇责罚藤原忠实的原因，不仅仅是对其秘密策划让女儿进宫不满，而且包含使鸟羽天皇屈服之意。保安四年（1123）正月二十八日，在白河法皇的安排之下，鸟羽天皇退位，年仅5岁的显仁亲王同一天完成立太子和践祚仪式，是为崇德天皇。由关白藤原忠通摄政。同年二月二日，鸟羽天皇获得太上天皇尊号，出现了天皇、上皇、法皇三皇并立的奇特现象。此后，白河法皇称为“本院”，鸟羽上皇成为“新院”，实权仍由白河法皇掌握。
保安五年（1124），改元天治。天治三年（1126），改元大治。大治四年（1129），崇德天皇元服，藤原忠通为其加冠，右大臣源家忠为其理发。次年，藤原忠通将女儿藤原圣子送入崇德天皇的后宫，并被崇德天皇立为中宫。但崇德天皇不久后宠幸兵卫佐局，还生下第一皇子重仁亲王，这引起了藤原忠通的不满。
根据《平家物语》记载，白河法皇曾经感慨道：“贺茂川的水，双六的骰子，比叡山的法师，这些都是不能随我心的”。“贺茂川的水”代表天灾，“双六的骰子”代表运气，“比叡山的法师”代表了宗教神明。白河法皇所要表达的意思是：除了天灾、运气和神明不能随我心之外，其他人间之事，他都称心如意。
大治四年（1129）七月，白河法皇去世（77岁），鸟羽上皇开设院政，开始把持朝政。鸟羽上皇一反白河法皇的政策，重新起用被白河法皇疏远、在家闭门思过的藤原忠实，同时违背白河法皇的遗言，将藤原忠实的女儿藤原泰子迎入宫中成为女御，并将其立为皇后，以巩固自己的院政。“天皇退位之后依然可以收纳女御进入后宫并册立为皇后，就是这时候开的先河。”不过，此时藤原泰子已经年近四十，于是鸟羽上皇又迎娶了其他女性，希望藤原璋子之外的女子能为自己生下皇子。最终，鸟羽上皇选中的是藤原得子。
另一方面，鸟羽上皇与崇德天皇之间素有嫌隙。根据《古事谈》记载，藤原璋子与养父白河法皇一直有奸情。藤原璋子入宫后，仍与养父白河法皇私通，世人都说崇德天皇是白河法皇的私生子。鸟羽上皇也知道这件事，他还故意把崇德天皇召至御前，挖苦地称呼他为“叔父子”，即崇德天皇既是自己的叔父，又是自己的儿子，导致双方都十分不快。
藤原得子被封为女御后，逐渐取代了中宫藤原璋子和皇后藤原泰子，越来越受鸟羽上皇宠爱。不久之后，藤原得子为鸟羽上皇生下儿子体仁亲王。此时，除了崇德天皇之外，鸟羽上皇还有次子通仁亲王、三子君仁亲王。雅仁亲王是鸟羽上皇的第四子。但通仁亲王被称为“目皇子”，君仁亲王被称为“痿皇子”，都是病弱之躯，只有四子雅仁亲王身体健康。
保延五年（1139），鸟羽上皇将藤原得子所生的小皇子体仁亲王册立为皇太弟。永治元年（1141）三月十日，鸟羽上皇出家，成为“法皇”。同年十二月七日，鸟羽法皇迫使崇德天皇将皇位让给“皇太弟”体仁亲王，是为近卫天皇，关白藤原忠通担任摄政。原本天皇退位后，可以作为新任天皇的父亲实行院政，但近卫天皇是作为皇太弟即位，因此崇德上皇只能成为新任天皇的兄长，无法实行院政。从此鸟羽法皇被称为“本院”，崇德上皇被称为“新院”。朝中大事均有鸟羽法皇裁决。由此，鸟羽法皇与崇德上皇之间的矛盾也更深了。
除了上皇与法皇之外，摄关家之间也有矛盾。藤原忠通的异母弟藤原赖长博学多才，深受父亲藤原忠实偏爱，且与自己素来不和。凭借父亲的关系和自己的才能，藤原赖长的官位晋升很快，于久安五年（1149）升任从一位左大臣，凌驾于兄长藤原忠通之上。藤原赖长性格苛烈、待人严厉，朝臣们朝会时，如果有晚到者，或者观点与自己不同者，往往都会遭到他的侮辱，甚至被其焚烧宅邸，因此得到了“恶左府”的绰号。
久安六年（1150年）正月，近卫天皇元服，藤原忠通为其加冠，藤原赖长为其理发。与此同时，藤原忠通由摄政改任关白。近卫天皇元服后，藤原赖长将内大臣德大寺公能女儿藤原多子收为义女并送入后宫，希望将来能够成为外戚，进而接替藤原忠通成为关白。藤原忠通对此针锋相对，也将权大纳言藤原伊通的女儿藤原呈子收为义女并送入后宫。
此时，藤原赖长希望担任内览一职，于是藤原忠实告诉藤原忠通，希望他将内览传给藤原赖长，等日后藤原赖长再传给他的子孙。但是，藤原忠通没有答应，并对鸟羽法皇说：“赖长资性凶险，彼若扶幼主，四海被其祸。”藤原忠实得知此事后十分愤怒，派士兵至藤原忠通家中，夺取藤原氏长者的信物朱器台盘，授予藤原赖长，由藤原赖长担任藤原氏长者。所谓氏长者，“通常由一族中地位最高的人担任，掌管氏神的祭祀，拥有推举同族的人担任从五位一下职位的权限”。藤原氏的族长一直兼任摄关职务，身为关白却被剥夺了藤原氏长者之位，“这是从来没有的事情”，“也是一个不祥事件”。
此外，藤原忠通的宅地、庄园等也被夺走。当时，藤原忠通正准备为嫡子藤原基实举行加冠礼，因藤原氏长者的地位被夺只能被迫中止。而后藤原基实举行元服礼时，只有藤原宗能、藤原忠基、藤原经定等少数公卿参加。藤原忠实甚至还逼迫藤原忠通让出关白之职，但藤原忠通坚持不让，鸟羽法皇也反对，因此藤原忠通最终保住了关白之职。由此，藤原忠通与父亲和弟弟之间的矛盾越来越深。总的来看，这一时期关白藤原忠通被左大臣、藤原氏长者藤原赖长所压制。
从摄关政治发展到院政，实质上就是从由摄关家决定皇嗣的外戚政治发展为由上皇决定皇嗣的家父长制。在院政政治中，皇子们为了争夺天皇家家父长的位置，促使皇位继承的矛盾更加尖锐化。久寿二年（1155）七月二十三日，体弱多病的近卫天皇早逝（17岁）。由于近卫天皇去世时没有子嗣，皇室内部围绕皇位继承人的问题，发生了激烈的斗争。崇德上皇希望自己重祚，或是传给自己的儿子重仁亲王；鸟羽法皇主张由自己的儿子雅仁亲王（崇德上皇的弟弟）或者近卫天皇的姐姐暲子内亲王继位。为了皇位继位问题，藤原氏内部也出现对立。关白藤原忠通支持鸟羽法皇和雅仁亲王，而左大臣藤原赖长拥护崇德上皇。
最后，继承皇位的是鸟羽法皇的儿子雅仁亲王，即后白河天皇。此时，鸟羽法皇与崇德上皇二人围绕皇统的对立，已经到了水火不容的地步，这也为之后保元之乱的爆发埋下伏笔。
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大日本史 卷之一百四十二 列傳第六十九
大日本史 卷之一百四十六 列傳第七十三
大日本史 卷之一百四十八 列傳第七十五
