在菅原道真怨灵的影响之下，对于醍醐天皇而言，值得庆幸的是，在保明亲王去世的延长元年（923），皇后藤原稳子生下了次子宽明亲王，并在皇后的“精心照料”之下逐渐长大。对于藤原时平而言，十分不幸的是，从此摄关之职落在了弟弟藤原忠平身上，并且由他的子孙世世代代传承下去。
藤原忠平是藤原基经第四子，昌泰三年（900）被授予参议，但他奏请让于叔父藤原清经，自己担任右大弁一职。延喜初年，藤原忠平担任参议，历任春宫大夫、左兵卫督、检非违使别当、权中纳言、藏人所别当兼右近卫大将、大纳言兼左近卫大将等职。自从延喜九年（909）左大臣藤原时平去世后，左大臣一职一直空缺。延喜十三年（913）右大臣源光离奇死去后，藤原忠平于翌年接替右大臣一职，成为太政官的首席。延长二年（924）正月，藤原忠平晋升左大臣，右大臣则由藤原定方接任。
庆赖王夭折后，醍醐天皇于延长三年（925）十月二十一日，立年仅3岁的宽明亲王为皇太子。延长八年（930年）九月二十二日，醍醐天皇让位给时年8岁的宽明亲王，是为朱雀天皇。自从藤原基经去世后，朝廷不再设置摄政和关白。此时由于天皇年幼，因此醍醐天皇下诏，任命朱雀天皇的舅舅、左大臣藤原忠平“保辅幼主，摄行政事”。同月二十九日，醍醐上皇驾崩，时年46岁。同年十一月二十一日，朱雀天皇正式即位，尊母亲藤原稳子为皇太后。翌年四月二十六日，朱雀天皇改元承平。七月十九日，宇多法皇去世。
朱雀天皇即位后，朝廷大权操纵在藤原忠平和藤原仲平兄弟二人手里。藤原忠平于承平六年（936）八月升任太政大臣，“摄政如故”。藤原仲平先后于承平三年（933）二月（承平二年八月，右大臣藤原定方去世）和承平七年（937）一月，升任右大臣和左大臣。随着朱雀天皇年岁渐长，藤原忠平于天庆四年（941）十一月辞去摄政一职。于是朱雀天皇下诏：“万机巨细，关白太政大臣，然后赠下。如仁和故事。”所谓“仁和故事”，指的是藤原忠平的父亲藤原基经担任关白的故事。至此，藤原北家再次把持摄政、关白。在藤原忠平之前，虽然藤原基经担任过摄政和关白，但二者的区分一直不明确。从藤原忠平就任摄政和关白之后，二者开始区分使用。即天皇年幼时，由外戚藤原氏代行政事称摄政，待天皇年长亲政后，摄政改称关白，辅助天皇总揽政事。这就是我们所熟悉的“摄关政治”。
朱雀天皇即位后，藤原稳子作为当时皇室中最年长者，成为后宫最有实力者（虽然阳成上皇仍然安在，但早已彻底退出政坛）。以藤原稳子为中心，皇族之中似乎依然留存着对藤原时平血统的执着。承平七年（937），朱雀天皇刚成年元服之际，保明亲王与藤原时平之女藤原仁善子所生的熙子女王（即庆赖王的妹妹）以女御身份入宫。“由于朱雀被看作是保明的转世，众人都期待着他能与保明之女孕育子嗣。”但两人之间一直未能生下孩子。天庆四年（941），藤原忠平的长子藤原实赖与藤原时平之女所生的藤原庆子又入宫成为朱雀天皇的女御。但是，藤原庆子与熙子女王一样，也没有一点怀孕的迹象。皇太子之位就这样空悬着，皇位继承面临巨大危机。
天庆七年（944）四月，膝下无子的朱雀天皇立同母弟成明亲王为皇太子。根据《日本纪略》记载，天庆九年（946）四月十九日，“行固三关并警固事，依明日有（朱雀）天皇御让位也”。次日，成明亲王接受朱雀天皇让位，是为村上天皇。与历代天皇退位不同，这次退位之前并没有天皇身体抱恙或商议退位的相关记载，而是非常突然地直接宣布退位。
朱雀天皇退位的原因，与其即位以来各地异象频发、天灾不断、局势动荡不安有关。前已述及，年幼的朱雀天皇即位不久，醍醐上皇便驾崩，朝中大事几乎由藤原忠平掌管。就在这一时期，出现了两起著名的以下犯上的叛乱，即“平蒋门之乱”与“藤原纯有之乱”，合称“将门、纯有之乱”，亦称“承平、天庆之乱”。
平将门是桓武天皇的第五代孙，可以说拥有皇室血统。他的祖父高望王于宽平元年（900）被宇多天皇赐姓平朝臣。平将门的父亲是平高望次子平良将。日本历史敢于对抗天皇政权的不乏其人，但自立“新皇”而公然反叛以天皇为首的朝廷者唯独平将门一人，并且他在死后作为日本的“四大怨灵”之一作祟千余年。
平将门早年与堂兄平贞盛一同前往平安京，并跟随在藤原忠平身边，希望借助他的扶持，升任检非违使，但未能如愿，在父亲去世后，返回家乡继承和经营父亲遗留下的领地。回乡之后，平将门因庄园领地的问题，与源护、伯父平国香（源护女婿、平贞盛父亲）、叔父平良兼（源护女婿）等人发生争执。武勇且倔强的平将门于是与源护之子以及伯父平国香、叔父平良兼以及同为平氏的平良正（源护女婿）等人大战了一场。平将门一开始处于下风，很快又转败为胜，但也因杀了源护的儿子源扶、源隆、源繁3人以及伯父平国香而闯下了祸事。
源护于是选择将平将门的所作所为状告朝廷，朝廷则命平将门与源护进京对质，平将门在命令送达之前已主动上京申诉。最终，朝廷以平将门“私斗”为由，给予轻判，平将门因此在京畿威名大震。此后因朱雀天皇元服大赦天下，平将门也被赦免，并返乡。返乡后的平将门又与平良兼、平贞盛等人兵戎相见，并再度转败为胜。平贞盛逃往平安京向朝廷申诉平将门的罪状，平良兼不久后病故。以上只是平氏一族的内斗，朝廷虽然表了态，但对于争执双方的私人恩怨并不关心，无论是朝廷还是国衙均未积极介入。“《日本纪略》等编年史以及《贞信公记抄》等书籍也对这一时期的平氏内部纷争只字未提。”
就在此时，武藏国和常陆国发生了两起事件，直接导致平将门与同族之间的内讧变成对中央政府的反叛。第一件事武藏国发生的事情。武藏国的权守兴世王、国介源经基与郡司武藏武芝之间发生了纠葛。就在双方整备军队、随时开战时，平将门主动出面调停，并让双方达成了和解。但还是发生了意想不到的事情，即武藏武芝的部下私自派兵包围了源经基的营所。源经基误以为平将门和兴世王要谋害自己，于是急赴平安京向朝廷控告平将门与兴世王谋反。实际上，仅凭企图杀害源经基的罪名并不构成“谋反”，而且此时的平将门似乎也没有谋反之意。
接着，在常陆国发生了另一件事情。常陆国豪强藤原玄明因反抗国司，拒不纳税，被国介藤原维几下令追捕。藤原维几娶了平高望的女儿为妻，算起来是平将门和平贞盛的姑父。藤原玄明被追捕后，先是进行了一番抢掠，而后投奔平将门乞求庇护。藤原维几于是要求平将门交出藤原玄明。平将门由于藤原维几一直偏袒堂兄平贞盛，因此对其心怀芥蒂，同时对藤原玄明表示同情，因此不仅拒绝，而且率兵进入常陆国，试图与藤原维几谈判。结果，双方大动干戈，最后平将门获胜，并火烧国府，夺取国印和仓库钥匙。平将门的这一举动在朝廷看来显然已是谋反。
在这种情况下，兴世王劝说平将门索性夺取关东各国。平将门十分赞同，于是率兵相继占领上野和下野两国的国府，并驱逐朝廷任免的国司，夺取印玺。与此同时，平将门暗中指使一名女巫冒充八幡大菩萨，以神灵的名义命令诸将拥戴平将门为“新皇”，建立与平安京朝廷相对峙的新政权。
这样，附近各国纷纷将此重大变化奏报平安京朝廷。此时，西日本以藤原纯友为首的叛乱也传到了平安京，东、西同时发生叛乱，令朝野一时陷入震荡。在此情况下，摄政藤原忠平紧急召开会议，讨论如何应对东、西叛乱。最初，朝廷推选参议藤原元方为讨伐平将门的征夷大将军，后又改任参议藤原忠文为征夷大将军。出征前，朱雀天皇驾临紫宸殿，亲自赐藤原忠文节刀（象征天皇的最高军事指挥权）。但击败平将门的却不是藤原忠文。平将门称新皇后，一心想要替父报仇的平贞盛和下野一位名叫藤原秀乡的押领使合作，乘平将门麾下的诸国武士回乡春耕、身边的兵力不足千人的机会，以优势兵力击败平将门，并在射杀平将门后，斩下其头颅。之后，兴世王也被诛杀，平将门之乱就此得以平定。
在平将门之乱的同时，平安京中盛传平将门与藤原纯友有勾结，二人曾共同登上比叡山顶，俯视平安城，约定事成之后，作为王孙的平将门称帝，藤原氏后裔的藤原纯友则任关白。藤原纯友是藤原基经同胞兄长的孙子，出身藤原氏北家的名门贵族。与平将门一样，藤原纯友的父亲早逝；与平将门无位无官不同的是，藤原纯友是朝廷任用国司出身，其部下不乏下级官人。如果说平将门之乱是源自地方豪族与国司之间的矛盾，那么藤原纯友之乱则是下级官人对朝廷不满的爆发。
平安京朝廷面对以平将门为首的地方豪族叛乱和以藤原纯友为首的海贼叛乱，为了避免陷于两线作战的不利状况，对藤原纯友实行怀柔政策，答应了他提出的一些要求。但是，藤原纯友在平静了半年之后，又开始四处劫掠。平安京朝廷在经过和藤原纯友长期周旋后任命藤原忠文为征西大将军，兵分陆路和水路两路大军夹击藤原纯友的叛军，最终双方在博多湾海岸进行决战。战败的藤原纯友集合败兵，乘船出逃。在被官军追赶至伊予国时，藤原纯友及其儿子被伊予警固使橘远保斩杀。藤原纯友的残部在与官军对抗半年后被平定，至此，藤原纯友之乱完全平息。
当时的日本社会，深受中国“国之灾祸，责在朝臣”等儒家思想的影响，认为发生“将门、纯友之乱”等战乱或其他灾难，都是为政者的过失所致。因此，有一部分人对先后担任摄政和关白的藤原忠平有所议论，甚至还有人希望藤原忠平引咎辞职。因此，担心有人在暗中筹谋天皇废立之事的藤原忠平，为了避免夜长梦多，趁朱雀天皇还没生下皇子之前，想方设法让朱雀天皇退位，进而册立自己中意的成明亲王为皇太子。而此时的皇太后藤原稳子正是藤原忠平的胞妹，于是，藤原忠平在向皇太后藤原稳子陈述利害后，藤原稳子也就接受了建议，暗示朱雀天皇退位。以上便是朱雀天皇让位给村上天皇的背景及其原因。
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